Hai a disposizione praticamente tutti gli algoritmi possibili, dai più blandi ai più complessi.

Poi dipende da quel che devi fare, dubito tu debba sviluppare qualcosa per la NASA.

Se ti serve la crittografia reversibile usa mcrypt, se ti basta fare un hashing delle password da tenere nel db usa md5 o sha

P.s. se vuoi saperne di più su e crittografia qui trovi un'ottima presentazione in pdf

http://www.phpday.it/2003/download.php