se non ho sbagliato a capire il tuo problema è che quando clicchi su dei link contenuti nell'intestazione invece di cambiarti la parte sotto carica le pagine all'interno dell'intestazione stessa?
se il problema è questo devi fare attenzione ai link nei quali devi specificargli il target:

<a href="http://www.tuosito.it" target="mainFrame">Prova
</a>


sempre se il problema è quello dimmi che ti mando un esempio in zip via mail.