Il posizionamento assoluto fa sempre riferimento al suo contenitore, quindi nel tuo caso al <body> della pagina; mettilo insieme ai div di sinistra e di destra dentro un div che li racchiuderà, e ad esso applica la proprietà "position: relative;" così che gli elementi posizionati in modo assoluto facciano riferimento a lui (infatti se non applichi il posizionamento relativo o assoluto, il div contenitore è come se non esistesse per quelli posizionati in modo assoluto).

PS: non vedo differenze con IE. Che versioni usi te? Io ho la 6

Ciao :P