capitato anche a me, ho risolto tenendomi linux sull'MBR e per far partire windows (che mi diceva NTLDR MANCANTE o altre cose del genere tutte false) ho foramttato da un PC con win XP un floppy ci ho messo i file per far partire win (ntdetect boot.ini ntldr e un'altro che non mi ricordo) e poi da floppy mi è partito win, poi volendo puoi aggiungere linux anche al caricamento degli OS sul floppy, mi pare si dovesse editare il boot.ini aggiungendo qlc tipola solita noiosa reinstallazione di win,ma mi da errore di caricamento sistema operativo anche da li' e anche rimuovendo tutte le partizioni.
c\bootsect.lin="linux" dopo aver creato un file di nome bootsect.lin che non è altro che l'MBR, per farlo bisognava fare qlc tipo
dd if=/dev/hda1 of=bootsect.lin bs=512 count=1