Scusa se rispondo solo ora... sono tornato adesso dalle ferie!
dunque:
codice:
chmod
e' un comando della shell Unix/Linux (niente a che vedere con php) quindi come puoi iuntuire non serve a nulla includerlo in un file php....

Detto brevemente e' un comanado del sistema operativo che assegna gli attributi di lettura-scrittura-esecuzione per gli utenti ed i gruppi del sistema operativo su quel file.

Ancor piu' brevemente (senno andiamo OT) devi avere un accesso alla macchina dove risiede l'HTTP server. Se DALLA SHELL (Volgarmente detta il prompt di Linux) del server mostriamo il contenuto della cartella /pippo tramite il comando
codice:
ls /pippo
ci troviamo dentro ad esempio un file paperino.php

per permettere la lettura e scrittura da parte di tutti gli utenti e di tutti i gruppi sul file paperino.php dobbiamo eseguire DALLA SHELL il comando

codice:
chmod 666 /pippo/paperino.php
... questo ovviamente a patto che siamo stati noi a creare il file paperino.php altrimenti ci verra' risposto con una sonora pernacchia

Tramite FTP non l'ho mai fatto, ma so che alcuni client FTP permettono l'esecuzione di modifiche degli attributi di lettura-scruittura da remoto (molto comodo perche' non ti obbliga ad aprire una sessione di terminale con la macchina server).

Direi di chiudere qui, hai bisogno di qualcuno che ti aiuti su Linux, non su php..
Buona fortuna!