Sul fatto dei permessi di scrittura hanno ragione.
Le pagine Web ed i database fondamentali devono essere scrivibili solo da parte del proprietario.
Per la scrittura su database devi farti una dir a parte con permessi piu` laschi.

Nel forum "CGI e Perl" ogni tanto si vedono domande di questo tipo, e l'argomento e` trattato anche sul sito di shishii (il moderatore di CGI e Perl).

Per problemi lato server, dovresti comunque postare in altri forum (nel tuo caso PHP o Sicurezza): forse trovi anche dei link a falle note delle varie versioni.