io ultimamente metto tutto xhtml 1.1 ... pero' bisognerebbe sapere che conoscenza hai dell' (x)html , se usi dreamweaver, per intenderci, metti quello che ti pare, se scrivi pagine a mano, a seconda del livello e di come le scrivi usi uno o un altro doctype.

HTML 4.01 Transitional e' vecchio ma ancora molto usato, se sfrutti tabelle a gogo e non vuoi scocciature da Strict ti consiglio questo, XHTML e' piu' per i tableless, la 1.0 puo' andare, la migliore attualmente e' 1.1 ma e' piu' strict dell' 1.0 Strict e non ha versione transitional

se usi frames hai il doctype per i frames, se e' una pagina XML hai doctype XML ... insomma, prima dovresti sapere cos'e' e a cosa serve, poi vedi da solo che questa domanda poteva essere evitata