Stai confondendo le autorizzazioni di accesso al sito,impostabili da IIS o nel wb.config (come hai fatto tu), con le permssion del file system.

Mettendo nel Web.config <authentication mode="Windows" /> hai praticamento dato accesso al sito solo a chi ha un account sul dominio o in locale sul server.

E' solo un problema di visualizzazione di pagine o anche di download/upload di documenti?

Fammi sapere
Ciao
K