intanto penso che ci sia il modo di modificare il web.xml anche con il tool..almeno credo... prova a scaricarti

ilpdf da questo sito:

http://pdf.coreservlets.com/

anche se il volumo non trata molto del web.xml pero spiega come usare tomcat e fare il deply di servlet e jsp, nonchè come editare gli elementi principalidel web.xml, sul tutorial della sun trovi poi di certo tutti i dettagli del web.xml