dato che devi farlo da zero, tanto vale portarsi avanti, e abbandonare del tutto i frame (come giustamente hai fatto), ma a questo punto anche gli iframe e le tabelle; per sostituire i primi come dice fcaldera ci sono gli include lato server, in luogo delle seconde ci sono i css.
con queste nuove soluzioni è tutto molto + semplice, c'è solo un po' di difficoltà all'inizio per impararle

ma se hai dubbi, ci sono sempre i forum