prova così:

codice:
function AggiungiCatExtra(id,name){

for (var i = 0; i < document.forms["prodotti"].options.length; i++){
if (document.forms["prodotti"].options[i].text.indexOf(name) >= 0){
var controllo = "ok";
}
}

if (controllo == "ok"){
alert("Elemento presente");
}
}else{
var cat_supl = document.forms["prodotti"].elements["Categorie_Supplementari"];
var selected_index = cat_supl.selectedIndex;
cat_supl.options[cat_supl.length] = new Option(name,id,false,true);
if ( selected_index >= 0 ) {
cat_supl.options[selected_index].selected = false;
}

}
Dovrebbe andare..

Nota: Calcola che "name" l'ho inteso come il testo contenuto dal tag option e non il suo value.. Se, invece, name è riferito al value, ti basterà cambiare ".text" con ".value"