Ciao; in pratica è giusto che tu abbia fatto tutta la logica di business in un package a parte (nel tuo caso source); in questo modo è possibile utilizzare il package soruce in applicazioni realizzate con le Swing (penso che tu abbia utilzzato queste ultime per il tuo progetto all'università), oppure per qualsiasi altra applicazione, ad esempio web applications.
Ovviamente, come detto da anx721, questo package deve essere reso "disponibile" alla web application. Per fare ciò può agire in due modi, che sono equivalenti:

1) Una volta che hai compilato il tuo package source lo copi (quindi copi il package con tutti i file .class presenti in esso) e lo inserisci (supponendo tu utilizzi Tomcat) nella directory: $TOMCAT_HOME/webapps/$TUA_WEBAPP/WEB-INF/classes

2) Una volta che hai compilato il tuo package source crei un file .jar e lo inserisci (supponendo tu utilizzi Tomcat) nella directory: $TOMCAT_HOME/webapps/$TUA_WEBAPP/WEB-INF/lib.
In questo modo il classloader riesce a reperire le classi di cui necessiti nella tua web application.

N.B: Se esegui il punto 1 e poi il 2 senza cancellare il package source con i file .class in esso presenti dalla directory classes, il classloader leggerà queste ultime e non il file .jar

Ciao