no...

il file server.xml puoi lasciare quello originale, io l'ho modificato per utilizzare come metodologia di collegamento al db questo maledetto JNDI che per adesso non so come farlo funzionare...

quindi il file server.xml lascia quello originale

il file web.xml invece serve a descrivere la tua applicazione e quindi ce lo devi mettere sotto la cartella WEB-INF della tua webapp

per quanto riguarda questo:
codice:
//Class.forName("org.gjt.mm.mysql.Driver"); 
Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
se lo utuilizzi cosi devi includere il file jar del Connector-J sotto la cartella $ROOT_TOMCAT\common\lib se invece commenti la seconda riga e scommenti la prima utilizzi il connettore offeto da java (sconsigliato da tutti)