Questa funzione (che immagino tu conosca.....)
codice:
<script type="text/JavaScript">
<!--
function MM_openBrWindow(theURL,winName,features) { 
  window.open(theURL,winName,features);
}
//-->
</script>
apre un popup permettendo alla pagina di partenza di continuare il proprio caricamento.......lanciala comunque (con un link oppure in modo automatico, come preferisci) DOPO il caricamento dell'animazione ( = inserisci il codice per l'apertura del popup DOPO la parte di codice che gestisce l'animazione).