nel file di configurazione di apache c'è la voce "timeout" che è impostata a 3000 secondi.. probabilmente è possibile impostarla temporaneamente a valori diversi anche da php stesso.. perchè phpmyadmin lo fa

e molto probabilmente lo si potrà fare con .httaccess

non so dirti nulla di sicuro al momento ma se spulci bene qualche guida su apache....