Se usi win2k o XP apri il prompt dei comani e lanci questo comando:

chkdsk unità /F /V

(per esempio se i tuoi faile sono una cartella in c: fai chkdsk c: /F /V)

Al 99% se i file sono i c: quando lanci quel comando ti chiederà se vuoi eseguire il comando al prossimo riavvio del sistema (tu ovviamente dirai di si) riavvia il pc e lascia fare quello che deve...a me quel comandino ha fatto miracoli

Se invece sei in una partizione te lo fa al volo...facci sapere!