Quando ho usato emule, proprio come te, unitamente a WinMX, mi sono occupato soltanto di creare una nuova "MyShared" all'interno di quella che usavo per WinMX ma soltanto perché, se ricordo bene, gli incompleti si configurano in modo diverso e quindi l'ho fatto per non avere confusione. Mai avuto problemi... se non da parte dei mille spyware che ti infila emule.
Se ci pensi, così facendo, non è che apri altre porte. All'interno della stessa cartella, un prog ti indicizza i suoi server e files e l'altro pure. La cartella raggiungibile dagli altri utenti sarà quella e solo quella (ovvio, anche le sue sottocartelle, se le crei).