No, niente .iso.
Fai una cartella e incollaci dentro tutto ciò che vedi sulla radice del CD. Ai tempi di Win95, per non impazzire con la configurazione del CD-ROM, mettevo una copia del CD di Windows in un altro HD, in una cartella di nome win e poi da DOS scrivevo il percorso E:\win\sepup.exe e partiva l'installazione dall'HD e non dal CD.

Quando vorrai rimettere il tutto su un altro CD, copierai solo il contenuto della cartella e così l'autorun funzionerà come da originale. Ma se lo scopo è solo quello di fare una copia del CD, perché non fai Copia Disco "al volo" col tuo prog di masterizzazione?

Altro discorso è se si tratta di un DVD...