ok, ho risolto il problema, lascio la soluzione per chi l'ha capito.

in pratica in tutto il sito ho utilizzato percorsi relativi, quindi una volta inserite le regole di htaccess ho dovuto inserire il seguente tag:

<base href="http://www.gianiaz.net/" />

che però per qualche motivo veniva letto ogni volta che veniva aperto un link cosi formato:

<a href="#" onclick="window.open('dsfdf','','');">

per ovviare al problema mi è stato suggerito (grazie a Matteo Beccati :*) di aggiungere dopo il window.open return false;