Una popup (lato client) non e` in grado di interpretare i dati provenienti dal metodo POST. Solo il server li puo` interpretare.

Puoi fare due submit dello stesso form, che inviano i dati a due programmi diversi e il submit che chiami "intrrmedio" viene invaito ad una popup.
Oppure puoi inviare il form con metodo GET alla popup, e con metodo POST alla destinazione finale.

Valuta tu e facci sapre. JS e` in grado di fare le due cose.