Mi sa che devi studiare un poco meglio la questione
http://java.sun.com/docs/books/tutorial/rmi/

La questione dello stub forse si può risolvere facendo attenzione a quando viene generato:
rmic miopackage.miaImplementazione
cioè devi specificare il nome del package e se non ricordo male quando compili ti devi mettere nella folder precedente a miopackage e lanciare la riga di comando.

Cmq se usi JBuilder X, anche la versione free, te li genera lui e sono sicuramente funzionanti...