cioè tu hai contattato un hoster o un propietario di dominio? mi spiego meglio, hai mandato una mail al signor pippo proprietario di www.pippo.it e lui t'ha detto "Ti vendo il dominio a xxx€ + iva" o hai chiamato un host tipo aruba, register o chicchesia e ti hanno risposto "il dominio costa xxx€ + iva oltre a questo le offriamo ..."?
In ogni caso chi ti vende un servizio (dominio) deve fatturartelo a meno che non sia un privato, ma lì il discorso cambia, perché poi il privato non può scaricare l'iva.