OVviamente deve avere i permessi di esecuzione (chmod a+x nomeprogramma)
Poi puoi creare l'icona nel desktop (tasto destro sul desktop, poi dipende se usi kde, gnome o altro) e alla voce "comando" inserisci il percorso completo del file.

Oppure, fai un link del tuo programma in /usr/bin, tipo

ln -s percorsoattulae /usr/bin/nomechevuoi

in modo che potrai eseguire il programma semplicemente digitando su console il nome del programma (senza indicare il percorso). Lo stesso dicasi per richiamarlo dall'icona.

Sergej