No, non e` troppo un casino (solo un po'), ma non ci riesci se devi tener conto che il tutto sta in un JS.

Poi dipende da che linguaggio vuoi usare. Se vuoi XHTML Strict la cosa la vedo dura (non impossibile). Se ti basta il transitional (o XHTML 4) e` piu` semplice.

Ma ti consiglio di separare i problemi.

Prima fallo con il codice HTML inserito direttamente; poi farlo inserire da JS e` un passo successivo.