Dipende come passi i valori.

E comunque devono essere numerici quando li passi alla funzione Date(), specie il mese dove devi fare la sottrazione

Vedi questa modifica:
codice:
function controllo(uno, due) {
  temp1 = uno.split(/[\/\-\.]/);
  temp2 = due.split(/[\/\-\.]/);

  d1 = new Date(temp1[2], parseInt(temp1[1],10)-1, temp1[0]);
  d2 = new Date(temp2[2], parseInt(temp2[1],10)-1, temp2[0]);

  alert("le date: "+d1.toLocaleString+" e "+d2.toLocaleString);
  alert(uno +" è" + (d1 < d2 ? "precedente " : "successivo ") +" rispetto "+ due);
}