Non devi eliminarli.
E' il browser che effettua quella codifica, giustamente perché altrimenti il server non riuscirebbe a ricevere i parametri nel modo corretto.
In php devi decodificare i dati usando la funzione urldecode() o rawurldecode() (ora non ricordo)

www.php.net/urldecode
www.php.net/rawurldecode