Ho capito benissimo cosa vuoi fare...
Dreamweaver è un editor di html, quindi inserisci i due filmati flash, che in html saranno inseriti fra due tag <embed>, in due diversi <div> e con i fogli di stile metti i due div su due livelli diversi.
Una cosa del tipo:

<div style="position:absolute; top:5px; left:5px; z-index:2">
<embed>filmato1</embed>
</div>

<div style="position:absolute; top:150px; left:150px; z-index:3">
<embed>filmato2</embed>
</div>

Il filmato2 apparirà sopra il filmato1