Nella pagina che ti ho inviato ci sono i link ad altre funzioni utili, come fopen e fputs.
Comnunque, per estrarre righe c'è fgets, per aggiungere fputs. E' importante sapere che i file di testo sono ad accesso sequenziale, e ciò vuol dire che se devi modificare una riga, devi comunque riscrivere tutte le altre righe.

Ti mostro un esempio che ho trovato nel link inviatoti precedentemente:

codice:
<?
$key = "w3ty8l";
//load file into $fc array
$fc=file("some.txt");
//open same file and use "w" to clear file 
$f=fopen("some.txt","w");
//loop through array using foreach

foreach($fc as $line)
{
     if (!strstr($line,$key)) //look for $key in each line
           fputs($f,$line); //place $line back in file 
}
fclose($f);

?>
Questo codice elimina tutte le righe contenenti la stringa "w3ty8l". Nota che fopen apre il file in modalità scrittura (dal parametro w). L'istruzione "foreach" scansiona sequenzialmente tutte le righe, e se una riga non contiene la stringa cercata, allora la aggiunge al file. In questo modo tutte le righe contenenti la stringa non vengono aggiunte.
Puoi modificare l'algoritmo a tuo piacimento in modo da modificare una o più righe secondo i criteri che vuoi. Basta modificare opportunamente l'interno del blocco foreach