RISOLUZIONE:
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From
tb_tabella
Where
a_tb_tabella.ct1 = '[[variabile1]]' AND
a_tb_tabella.ct2= '[[variabile2]]'
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NB:tutte le istruzioni sono con ritorno a capo x avere una sola [[qualcosa]] x riga (migliorarla è possibile!!!)

codice:
function Query($fs)
    {
    //prelevo le variabili pubbliche per le sostituzioni
	global $var;
	$erroreint=0;//setto a zero, nel caso passi a 1 vuol dire che la query ha problemi
	//$FS=file
    if(file_exists("query/".$fs.""))
        {
        $sql=file("query/".$fs."");
        foreach($sql as $k=>$v)
            {
			$n = $v;
			//Verifico se esiste [[xxxxxxx]]
			if(stristr($n,"[[")!=false)
				{
				$start=stristr($n,"[[");
				$replace=substr($start,2,( strlen($start)-(strlen(stristr($start,"]]")))) - 2);
				$search=substr($start,0,( strlen($start)-(strlen(stristr($start,"]]")))) + 2);
				$v=str_replace($search,$var[$replace],$n);
				if(!$var[$replace])
					{$erroreint=1;}
				}
			$new_sql .= $v;
			unset($n,$replace,$search,$v);
			}
        if($erroreint!=1){return $new_sql;}
        }
        else
        {
        $new_sql = false;
        return $new_sql;
        }
    }
$var["variabile1"]="pippo";
$var["variabile2"]="pluto";
$sql=Query("query.txt");
echo $sql;