potrei sbagliarmi ma mi pare che non si possono inserire dei jar all'interno di altri (o meglio si può ma la jvm non troverebbe le classi all'interno dei jar più interni).
Cmq potrei sbagliarmi su questo punto...

Quando esporti con Eclipse ad un certo punto ti chiede di allegare il manifest file, in questo file devi includere la path di tutti i jar che usi nella tua applicazione.

Io ti consiglio di fare un jar delle classi che hai scritto e mettere al di fuori in una dir tutti i jar che sono le tue librerie esterne, poi questa path la inserisci nel manifest, un manifest tipo è così:

Manifest-Version: 1.0
Main-Class: tuopackage.tua-classe-con-main
Class-Path: mp3spi/mp3spi1.9.2.jar mp3spi/jl1.0.jar