La domanda e` ben formulata, la diagnosi fatta bene, ma la risposta e` impossibile: occorrerebbe conoscere tutto il tuo progetto (cosa praticamente impossibile tramite forum).

Comunque da quanto dici deduco che sai fare tutto, si tratta solo di meditarci opportunamente.

Per quanto riguarda interazione tra JS e PHP (o altro linguaggio lato server).
Non c'e` interazione in tempo reale (salvo cose particolari, ma troppo complesse per prenderle in considerazione).
PHP genera una pagina (eventualmente contenente un JS o un richiamo ad un JS); JS programma dei campi (eventualmente nascosti) che vengono passati al PHP al momento del submit del form. Non ci sono altri modi per far colloquiare i due sistemi.