ti conviene utilizzare invece di bootmagic direttamente il bootloader del linux che installi, che è "lilo" o "grub".
questi bootloader risolvono il problema alla base in quanto si installano nel settore MBR del disco di avvio, e sono quindi "compatibili" con qualsiasi filesystem tu voglia utilizzare,m in quanto vengono caricati prima dell'accesso alle partizioni (sono loro che poi puntano ad una partizione).
L'unica cosa è che ti conviene installare prima windows e poi linux, altrimenti windows eliminerà il bootloader installato per ripristinare il puntamento di default dell'MBR al primo cilindro della prima partizione avviabile...