Io ho avuto una situazione simile e ho risolto con un redirect 301 dalle vecchie pagine (che non esistono più) alle nuove corrispondenti o alla home se non ci sono pagine corrispondenti.
Per ora le vecchie pagine sono sempre presenti nelle serp di GG ma compare accanto la dicitura "Supplemental Result"
In ogni caso l'utente che le cliccasse si troverebbe a visualizzare la pagina nuova, quindi...