Per contenere due numeri in un elemento definisciti una classe Coppia che contiene i due numeri. Quindi crei la matrice cosi:

Coppia[][]][] a = new Coppia[n][m][k]

poi istanzi i singoli vettori:

Codice PHP:
for(int i 0ni++){
     
a[i] = new Coppia[m][k];
     for(
int j 0mj++){
          
a[i][j] = new Coppia[k];
          for(
int h 0kh++){
               
a[i][j][h] = new Coppia(...,...);
          }
     }