Essere indovini era il mio sogno fin da adolescente. Poi ho rinunciato.
Non credo che questa eccedenza dia seguito ad un errore. lo vedi su phpmyadmin perche' esegue tutte le volte il check della tebella. Prova a vedere nelle query eseguite quante ne vengono fuori al solo eseguire una selezione di un database con phpmydmin.
Sicuramente il problema e' diverso, oppure forse hai spostato i file dei dati con una semplice copia invece di un restore da file .sql

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