Ti posto un esempio concreto:

il mio file EXE si chiama "launch.exe", generato da Flash e pesa 981 KB, dimensine 1024x768.
E' vuoto e sull'unico frame ho scritto:

Stage.align = "";
Stage.showMenu = false;
Stage.scaleMode = "exactFit"
fscommand("fullscreen", "true");
loadMovie("open.swf", 0);

Parte sempre e subito in fullscreen da CD, testato su più computer.