Questo è il codice:
$pass = crypt($argv[2]);
system("useradd -d $3 -m -p $pass $1");

E non funziona.
La stringa inserita è trocata rispetto a quella restituita da crypt.
Mi spiego meglio:

$1$JNf8fXBG$wC/KaKJ4c9fwwyfiBBkKy. <- risultato di crypt

/KaKJ4c9fwwyfiBBkKy. <- risultato memorizzato (sbagliato) dal sistema tramite lo script

$1$26789308$/XAhMSJ39SUjzJypqtm3I/ <- risultato memorizzato (corretto) dal sistema dopo aver inserito l'utente con Webmin

Ok, il risultato della funzione crypt (a quanto pare è la versione php della stessa funzione di Python) è corretto per il sistema ma non funziona lo script per l'inserimento dell'utente.