Ma tu non devi interagire direttamente con i file del db!

MySql come SQL Server oppure Oracle, sono DBMS client/server e i file sono gestiti dai rispettivi "motori" ...

Se devi aggiornare il tuo database, lo devi fare con opportuni script (o sequenze di comandi) SQL ... sia per quanto riguarda la struttura (tabelle/campi) sia per quanto riguarda i dati ...