Hai provato a mandarlo a settimana enigmistica come scioglilingua???

Metti un indice UNIQUE nella tabella elementi_associati che comprenda i due campi "id_elemento_principale" e "id_elemento_associabile", poi invece di INSERT utilizza REPLACE.

Se esiste un elemento dell'indice (cioe' i due campi of course) identico a quello che vuoi inserire questo doppione viene praticamente sovrascritto (quasi fosse un UPDATE) altrimenti viene aggiunto come se fosse un INSERT.