sotto una directory del tipo
C:\Documents and Settings\ [NOME PROFILO] \Impostazioni locali

Puoi proteggere aggiungendo un message digest (un crc) se i contenuti variano (con un algoritmo poco diffuso, meglio se fatto su misura)

Se sono pochi i valori puoi inventarti un codice tuo

Per esempio, se il contenuto del cookie è "SI" o "NO" ogni giorno crei un codice random che significa SI e un'altro sempre random che significa NO, e per quel giorno usi sempre memorizzi quelli nei cookie