php con la validazione non c'entra niente, php genera l' output, se questo e' fatto bene la validazione e' ok.

Quasi sicuramente il file contatore/ex_counter.php incluso non si sa per quale motivo dopo il doctype avra' un echo di qualche tipo e siccome non ha senso scrivere tra la doctype e il tag head come non ha senso, secondo me, includere qualuqnue cosa in mezzo alla pagina ( prima elabori in php poi generi la pagina in un colpo solo e non mentre generi la pagina elabori in php ... ) il validatore trova testo o html in posti dove non dovrebbe esserci.

In sostanza, guardati il source della pagina generata e vedrai che sara' diverso da quello della sola pagina html che hai gia' validato.