absolute e relative lavorano assieme.
In una pagina se viene assegnato un valore absolute questo fa riferimento alla finestra del browser.
Se però questo absolute è contenuto in un relative, allora la sua posizione sarà relativa all'oggetto che la contiene.

Da questo presupposto posso dirti che il problema non stà nell relative o absolute, ma nello z-index (che stabilisce il posizionamento 'verticale' degli oggetti)quindi prova ad assegnare al livello che deve 'stare sopra' uno z-index più alto.

Domanda come mai, usi i 'layer' (pessimo concetto acquisito sicuramente con l'uso di dw) contenenti delle tabelle, quando potresti fare tutto semplicemente usando dei div?
Inoltre, sfrutti js per delle azioni di vedo,non vedo.
Ora non conosco a pieno il tuo caso, ma sai che potresti fare tutto (probabilmente) con css?
Hai mai dato un'occhiata qui:
http://www.cssbeauty.com/
http://cssvault.com/
http://www.webstandardsawards.com/

sono tanti esempi di quello che potresti fare senza tabelle.
Pensaci.