Suona ridicolo, ma funziona...

$buffer = fgets($marzio, 534);
$sss1=nl2br($buffer);
$sss=str_replace(" ", " ", $sss1);

ovvero sia sostituisco uno spazio con uno spazio e li conteggia poi nei vari substr.

<?php
$marzio = fopen("test.txt", "r");
while (!feof($marzio)) {
$buffer = fgets($marzio, 534);
$sss1=nl2br($buffer);
$sss=str_replace(" ", " ", $sss1);
$ciccio = substr($sss, 0 , 10);
$ciccio1 = substr($sss, 10 , 3);
if ($ciccio1 =="E01") {
$ciccio2 = substr($sss, 35 , 9 );
} else {
$ciccio2 = substr($sss, 34 , 9);
}

if ($ciccio1 =="E01") {
$ciccio3 = substr($sss, 45 , 64 );
} else {
$ciccio3 = substr($sss, 44 , 31);
}

$ciccio4 = substr($sss, 75 , 31);



echo $ciccio,' ',$ciccio1,' ',$ciccio2,' ',$ciccio3,' ',$ciccio4;
}
fclose($marzio);
?>

assurdo...ma funziona