cosa hai fatto di preciso?
adesso ho provato a guardare, e ho visto che il file httpd.conf su linux debian importa il file modules.conf.
al suo interno ci sono delle direttive LoadModule seguite dal nome del modulo, per me è bastato commentare la riga relativa
LoadModule autoindex_module /usr/lib/apache/1.3/mod_autoindex.so
(anche se io uso la 1.3 dovrebbe essere uguale per la 2).
prova anche a vedere se hai questo file:
/usr/sbin/apache-modconf apache
(io non l'ho mai usato però...)
ciao