Non afferro bene la causa del tuo problema...
Proverò quindi a farti qualche esempio.

Questo è il codice di una ipotetica tua pagina che si trova nella radice del tuo spazio web.
L'indirizzo del sito è http://www.esempio.est
Il file da includere si trova nella cartella "inc/file.txt".

Dunque.
codice:
<html>
<head></head>
<body>

</body>
</html>
Se sposto la pagina nella cartella "ita", devo cambiare così il codice.
Questo premettendo che il file da includere sia rimasto nella sua vecchia cartella.
codice:
<html>
<head></head>
<body>

</body>
</html>
Ho utilizzato il comando virtual perché la pagina che mi interessa non si trova più nella radice, ho inserito "../" per fare si che il percorso punti ad una cartella di radice superiore.

Mentre ti sto scrivendo tutto questo, mi viene in mente una domanda forse banale da farti.
Anzi, ho appena visto nuovamente il tuo sito e ritiro subito la domanda.

L'unico tuo problema è uno!
Per funzionare, una pagina con SSI ha bisogno di essere rinominata con l'estensione *.shtml, altrimenti il server Apache non la considera nemmeno!



Lascio comunque scritti tutti i miei esempi di sopra, sperando che possano servire comunque a qualcuno!

C I A O ! ! !