Bisogna vedere se le soluzioni Windows CE realizzate con VB6 Embedded sono compatibili con Windows Embedded e i sistemi operativi di ultima generazione.
Non ci si dovrebbe aspettare di trovare nel .NET CompactFramework tante più risorse rispetto al passato: le applicazioni CF.NET sono davvero minimali.
Siccome non penso che VB6 abbia subito aggiornamenti per i recenti sistemi operativi "embedded" di Microsoft, suppongo convenga comunque usare VB.NET come suggerito o sfruttare altri prodotti commerciali ricercandoli in rete.