Torno alla domanda originaria.

Il JS e` possibile usarlo dentro un XHTML Strict, ma:
- lo script non deve essere inserito dentro il file (oppure essere incluso in commenti CDATA - fai una ricerca nel forum, se nonsai cosa sono);
- alcune istruzioni vanno usate con molta cautela (ad esempio se modificano parti della pagina);
- se usi document.write() occorre sapere cosa si fa.

Le istruzioni da te citate non dovrebero dare problemi, ma per un giudizio piu` completo, occorre vedere la pagina.

Per quanto riguarda IE, devi sapere che il DOCTYPE deve essre la prima riga della pagina, altrimenti non viene interpretato (a dispetto delle norme).