Ciao, hai controllato che l isapi di .net sia integra? Ho paura che ti abbiano cambiato sotto il naso le isapi relative ad asp e asp.net..

Se sei incerto fai una cosa. disinstalla asp.net dalla macchina win2003 e reinstalla. Se il problema persiste fai un backup del salvabile e metti tutto in archivio. A questo punto prova a cancellare IIS e a reinstallarlo. Se non funziona, beh ho paura che siano arrivati a livello ancora più basso.. e qui dovresti affidarti a qualche sistemista.

Buona Fortuna.