Non potresti mandare 100 mail ogni volta ? Tipo ....

codice:
<?php
if (! isset($_GET['conta'])) {
 $conta = 0;
} else {
 $conta = $_GET['conta'];
}
$query = "select quello che c'è da selezionare from tabella where ... limit $conta, 100";
$res   = mysql_query($query);
if (mysql_num_rows($res) > 0) {
 .... ciclo per mandare le mail;
 $conta = $conta + 100;
 header("location:mia_pagina.php?conta=$conta");
} else {
 header("location:torno_da_dove_provengo.php");
}
?>