>Vorrei sapere qual'è la differenza tra un applet e un filmato flash .

Non è propriamente una bellissima domanda..
Flash e Java sono due cose diverse, e un'applet ancora un'altra. La risposta migliore che posso darti è questa: la stessa differenza che c'è tra un'immagine ed un file mp3 (non sono comparabili).

>Ma con java troverei difficoltà a creare un bella
>animazione grafica, cosa che mi riesce facile con flash.

Infatti java non è fatto per creare animazioni, cosa per cui invece è nato Flash: se devi quindi fare un'animazione, usa Flash.

>ho un filmato flash che vorrei inserire in un frame, che a
>sua volta vorrei inserire in un html in modo che compaia
>all'avvio della pagina.

Se parli di un frame html, allora basta utilizzare, nella pagina che posizioni nel frame, il codice di incorporamento del filmato, che ottieni quando esporti il filmato con Shift + F12 (viene creato il filmato e una pagina html con il codice adatto).